Définis-moi le microbiote !

Cet article est né du constat que si 70% des personnes ont déjà entendu parler du microbiote, 1 personne sur 5 seulement déclare savoir ce dont il s’agit exactement. Les 60 ans et plus sont, semble-t-il, les moins bien informés. Je ne rentrerai volontairement pas dans les détails, l’objectif étant juste d’introduire le sujet.

Le microbiote désigne donc l’ensemble des micro-organismes (bactéries, champignons (levures), virus, archées) cohabitant dans/avec notre organisme, plus (ou moins !) en bonne intelligence.

A noter que comparativement aux 70% ci-dessus, 88% des personnes interrogées ont entendu parler de flore intestinale. De fait, le vocabulaire employé a aussi son importance.

Alors pourquoi parle-t-on plutôt de microbiote que de flore intestinale ? Et bien car il existe non pas un, mais DES microbiotes. Microbiote intestinal effectivement, le plus important en termes d’abondance, mais aussi le microbiote cutané, le microbiote buccal, de la vessie, des poumons…

Nous pourrions même dire que « nous sommes microbiens ». Nous sommes en effet composés de 50% de cellules humaines, et de 50% de cellules bactériennes (dans notre intestin, sur notre peau, dans la bouche, etc..). Côté intestinal, 1 gramme de selles contient autant de bactéries … qu’il n’y a d’habitants sur Terre !

Le microbiote est un peu la star de la dernière décennie. Le nombre de publications scientifiques sur le sujet a littéralement explosé de, moins de 5 000 par an en 2014, à plus de 20 000 par an ces 3 dernières années. Même les marques cosmétiques s’y sont mises, utilisant à tout va le terme « microbiome » dans leurs publicités.

Les principaux microbiotes chez l’Homme

Et chaque sphère a ses particularités en termes de souches. Même au sein du digestif, le microbiote de la bouche sera très différent de celui de l’intestin grêle ou du colon.

Concernant le microbiote intestinal, un individu moyen de 70 kg possède environ 2 kg de microbiote intestinal ! On compte en moyenne environ 200 espèces dominantes chez chaque individu, certaines très différentes de votre voisin ! En revanche, si vous êtes né(e) par voie naturelle (voie basse), vous partagerez sans aucun doute un certain nombre de souches avec votre maman !

L’enfant qui nait a un intestin stérile (il y a eu l’hypothèse selon laquelle il y avait déjà une petite colonisation précoce de l’intestin in utero, mais ceci était controversé. Il semblerait finalement que ce soit plutôt lié à des erreurs de manipulation et des contaminations des échantillons prélevés). Je ne vais pas entrer trop dans le détail de la constitution du microbiote chez l’enfant car cela mériterait un article en soi, mais c’est au moment de la naissance par voie basse que l’enfant va récupérer une partie de la flore fécale et flore vaginale de sa maman, ce qui va constituer les premières « briques » de son microbiote. Puis ce microbiote va s’enrichir et se diversifier pendant les premières années de la vie (les 3 premières surtout) (d’où l’importance de la période des 1000 jours, sur laquelle travaillent beaucoup les spécialistes de nutrition infantile). Se diversifier en fonction de l’alimentation, du mode de vie (à la campagne / en ville), des contacts (seul isolé / en crèche), de la présence d’animaux également (pour l’anecdote, les études montrent que les enfants vivant dans un foyer avec un animal de compagnie ont un microbiote plus diversifié !).

Chez l’adulte, les études montrent que le microbiote intestinal est très influé par notre mode de vie : alimentation, lieu de vie, activité/ sédentarité… A titre d’exemple, il a été montré que des sujets nord-américains avaient un microbiote très différent de populations indigènes du Vénézuela ou encore du Malawi. Plus l’alimentation s’occidentalise et est transformée, plus le microbiote s’appauvrit (or on part du principe que plus un microbiote est diversifié, plus cela peut contribuer à une bonne santé). Mais de nombreux autres facteurs peuvent influer sur sa composition : les traitements antibiotiques ou certains autres traitements médicamenteux, le tabac, la pollution…

Un lien avec certaines pathologies ?

Alors pourquoi s’intéresse-t-on autant au microbiote ? Et bien déjà parce que l’on peut ! il y a eu un énorme progrès des méthodes d’analyses qui permettent d’être beaucoup plus précis et plus rapides. Et par ailleurs, on a commencé à s’interroger sur le rôle que peuvent avoir ces microbiotes, en premier lieu le microbiote intestinal.

On s’est rendu compte que dans certaines pathologies, il y avait certaines « signatures » de microbiote, c’est-à-dire des points communs entre les personnes atteintes de la même pathologie. La principale question est : est-ce que c’est une simple association ? ou bien y a-t-il un lien de causalité ? (on pourrait prendre la métaphore : « on sait que les individus qui présentent un diabète sont souvent habillés en bleu (simple corrélation / association). Mais est-ce le fait que les sujets s’habillent en bleu qui cause l’apparition de leur diabète ? (dans ce cas, il y aurait causalité).

Il y a encore beaucoup de choses à découvrir sur le microbiote, qui est un sujet très vaste et extrêmement complexe (et aussi passionnant), mais on sait déjà aujourd’hui que la présence de certaines bactéries peut avoir un lien de causalité avec certaines pathologies. Pour d’autres, c’est toujours en cours d’étude (on s’interroge par exemple sur les liens entre microbiote et Parkinson, ou Alzheimer, l’autisme…). Cette connaissance pourrait offrir à terme des pistes thérapeutiques, ou préventives. SI par exemple, on sait que telle souche peut favoriser l’apparition de telle maladie, il sera possible par divers moyens (alimentation, antibiotiques, compléments alimentaires) de réduire sa présence dans le microbiote intestinal. Le sujet a de belles années devant lui !

A lire, cet article de l’INSERM, qui date déjà un peu mais reste toujours d’actualité !