Le point sur le coronavirus

(en couverture, Coronavirus visualisé au microscope électronique)

Bon je dois avouer que j’ai hésité à faire cet article (dont le but n’est pas de contribuer à la psychose ambiante, mais plutôt d’informer objectivement). Et puis cet après-midi j’avais quelques heures de libre (et oui, moins de consultations cette semaine, du coup moins de compte-rendu à rédiger ! J’aurais aussi pu regarder une série sur Netflix, voyez comment je suis dévouée 😉 Bon en fait, le sujet m’intéresse, ça me rappelle mes cours de génétique et de virologie, et je sais que nombreux sont ceux qui se posent des questions).

Alors qui est celui qui fait tant parler de lui depuis plusieurs semaines maintenant ?

Juste au préalable un petit rappel sur la différence entre bactérie et virus. Le virus, contrairement aux bactéries, a besoin d’un hôte pour survivre et se multiplier. Il va en effet utiliser la machinerie cellulaire de cet hôte pour se répliquer (i.e. fabriquer son matériel génétique en grand nombre). A noter que tous les virus et toutes les bactéries ne sont pas pathogènes (chez les bactéries par exemple, les probiotiques sont au contraire bénéfiques pour l’organisme). Ici en l’occurrence, le Covid-19 (aussi dénommé SARS-CoV-2) fait partie des coronavirus, une vaste famille de virus responsables d’infections des voies respiratoires, dont certaines bénignes (le rhume en fait partie).

C’est un virus à ARN (par opposition aux virus à ADN), simple brin (il existe aussi des virus à ARN doubles brins, c’est le cas des rotavirus, pouvant générer des gastro-entérites).  Etant de polarité positive (je prends des raccourcis pour ne pas rentrer dans les détails, mais il y aurait des étapes supplémentaires s’il était de polarité négative), sitôt pénétré dans la cellule, il va mettre à profit les outils de son hôte pour produire ses propres protéines, répliquer (multiplier) son matériel génétique et donc constituer de nouvelles particules virales qui vont ressortir de la cellule.

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Cette catégorie de virus ARN à simple brin présente des taux de mutation élevés (pour faire simple, iI n’y a en effet pas de 2ème brin référent pour servir de modèle en cas de mutation spontanée ou d’erreur de réplication.  C’est pourquoi on peut s’interroger sur la légitimité à développer un vaccin, dans la mesure où ce développement prend des mois, et que lorsque le vaccin sera enfin au point, le virus aura sans doute beaucoup évolué et le vaccin ne sera sans doute plus ou peu efficace (c’est pourquoi le vaccin contre la grippe de l’année N n’est plus efficace contre le virus de la grippe de l’année suivante, voire de la grippe de l’année en cours, mais ça c’est un autre débat !).

Le génome du Covid-19 a été séquencé intégralement dès le 29 janvier dernier par des équipes françaises, à partir d’échantillons collectés sur les premiers cas suspectés en France quelques jours plus tôt (bon on avait été devancés par les Chinois qui l’avaient déjà séquencé dès le 11 janvier).

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Zoom sur la séquence complète du coronavirus 2019-nCoV, chez un des premiers cas français, réalisée à l’Institut Pasteur. On voit les bases de l’ARN viral. Crédit : Institut Pasteur / CNR des virus des infections respiratoires.

Ce séquençage est important pour :

  • Connaître le virus et sa pathogenèse ;
  • Pour le développement de nouveaux outils diagnostiques
  • Le développement éventuel de vaccins ;
  • Modéliser son épidémiologie et mettre en place des stratégies de contrôle de l’épidémie

Bon ça c’est côté science. Reste à savoir ce que le gouvernement fait de ces informations (on peut d’ailleurs s’interroger sur les différences d’approche en France versus d’autres pays Européens, qui ont pris des mesures encore bien plus drastiques pour essayer de limiter la propagation) (Edit : au moment de la rédaction de cet article, seule la fermeture des écoles et crèches avait été annoncée. Depuis, il a aussi été décidé de fermer restaurants, bars, et commerces hors première nécessité).

Les virus existent chez différentes espèces, sans forcément de transmission inter-espèces. Certains animaux sont des « réservoirs », ils hébergent le virus et assurent sa survie sans que cela ne leur porte préjudice. On sait par exemple que la chauve-souris est le réservoir de nombreux virus, comme par exemple le terrifiant virus Ebola (auquel on a commencé à s’intéresser étrangement en 2014 lorsque la maladie s’était exportée aux Etats-Unis, alors que l’on recense tous les ans des foyers plus ou moins importants dans différents pays africains) (oui bah de toute façon ils n’ont pas les moyens d’acheter des vaccins !). Les coronavirus auraient également pour réservoirs les chauves-souris, et les oiseaux. Et puis parfois, par le hasard d’une mutation, le virus franchit la barrière des espèces et peut aller en contaminer d’autres. C’est ainsi qu’avait débuté l’épidémie de SRAS en novembre 2002 en Chine. Je me rappelle parfaitement des images à la télévision, de villes complétement désertes, où les gens restaient confinés chez eux et où les quelques rares qui sortaient étaient tous masqués. Cela m’avait marquée car de telles mesures étaient inédites (plus proches de nous, les mesures prises en Italie depuis quelques jours s’en rapprochent fort !).  Le réservoir animal identifié était alors une chauve-souris insectivore, qui aurait ensuite transmis le virus à la civette palmiste masquée (ce n’est pas une blague), animal sauvage vendu sur les marchés et consommé dans le Sud de la Chine (bon si on arrêtait de manger n’importe quoi ??).

Dans le cas de la présente épidémie (on parle même maintenant de pandémie), les premiers cas ont été détectés dans le centre de la Chine en décembre dernier, dans la désormais célèbre ville de Wuhan. On suspecte là encore une transmission  via l’animal. On a évoqué le pangolin (encore un autre animal sauvage que l’on peut retrouver sur des marchés chinois), mais finalement sans certitude. Puis il y a eu transmission inter-humaine. Vous aurez peut-être lu ici ou là des rumeurs selon lesquelles le virus serait issu de manipulations humaines, et aurait pu être disséminé accidentellement. Il ne faut sans doute pas tomber dans la paranoïa. Comme dirait mon cher et tendre, on peut faire confiance au rasoir d’Ockham (encore appelé « principe de simplicité » ou « principe de parcimonie »). (Autrement dit il ne faut pas aller chercher plus loin qu’un coniaud qui a bouffé un truc peu recommandable) (tiens je me rends compte que coniaud n’existe pas, peut-être un terme lorrain, ou dérivé de corniaud. Bon, un bon couillon dirons-nous !).

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Vous connaissiez le pangolin ?

L’une des bonnes nouvelles est que la Chine a enfin interdit depuis le 24 février dernier le commerce d’animaux sauvages (l’homme est long à la compréhension), reste à savoir si cela sera respecté ! (quelque chose me dit que non).


Endémie, épidémie, pandémie, de quoi parle-t-on ?

L’endémie fait référence à la présence habituelle d’une maladie dans une certaine zone géographique (par exemple, les cas de grippe sont endémiques en France).

Epidémie, du grec epi = au-dessus et demos = peuple. On parle d’épidémie lorsque l’on atteint un certain nombre de cas à un instant donné à un endroit donné (si la grippe dépasse un certain nombre de cas en hiver par exemple, on va parler d’épidémie).

Quant à la pandémie, c’est lorsque l’épidémie progresse et finit par toucher de nombreuses zones géographiques et différents continents, comme c’est le cas aujourd’hui avec le covid-19.


Transmission et symptômes

Dans le cas du Covid-19, la contamination entre humains se fait a priori surtout par voie respiratoire directe, via des aérosols, projetés lors de toux ou éternuement. Mais si vous touchez une surface infectée par quelqu’un avant vous, puis portez votre main au visage ou vous mouchez, c’est également une voie d’entrée pour le virus (c’est bien pour cela que l’on recommande aux personnes de se laver les mains le plus souvent possible dans les deux camps !).

Selon l’institut Pasteur, la durée d’incubation est en moyenne de 5 jours, avec des extrêmes de 2 à 12 jours (c’est pourquoi la durée de quarantaine a été établie à 14 jours, on estime que cela couvre la durée maximale d’incubation).

L’installation des symptômes se fait progressivement sur plusieurs jours, contrairement à la grippe qui débute brutalement. Les premiers symptômes sont peu spécifiques : maux de tête, douleurs musculaires, fatigue. Puis apparaissent les signes respiratoires, et possiblement de la fièvre (pas systématiquement), souvent deux ou trois jours après les premiers symptômes.

On est contagieux dès l’apparition des symptômes, mais possiblement aussi quelques jours avant pour certains sujets.

Edit du Samedi 14/03 : Le ministre de la Santé a relayé aujourd’hui l’information venant des personnels de santé : la prise d’anti-inflammatoires en cas d’infection risque d’aggraver les symptômes. En cas de symptômes grippaux ou hivernaux, dans le doute, éviter de prendre des anti-inflammatoires (ibuprofène, cortisone…) (cela sous-entend aussi tous les anti-inflammatoires sans ordonnance : Advil; Nurofen, Spedifen et compagnie). L’interprétation que l’on peut en faire est que dans la mesure où l’inflammation est un moyen de lutte de l’organisme contre qqch (entre autres, les agents pathogènes), si l’on coupe l’inflammation avec des anti-inflammatoires, on se coupe de ce moyen naturel de lutte de l’organisme. C’est ce qui pourrait expliquer l’aggravation de l’infection et des symptômes.

Ce qui est plus pernicieux est que l’infection peut aussi être asymptomatique (vous êtes porteur sain, c’est-à-dire que vous ne déclarez pas de symptômes mais pouvez contribuer à disséminer le virus) ou « paucisymptomatique » (pas ou peu de manifestations cliniques) chez 30 à 60 % des sujets infectés. Donc si vous êtes vous-même très exposé (travaillez au contact de beaucoup de monde, ou prenez beaucoup les transports en commun), il peut être sage de limiter pour l’instant votre contact avec les personnes les plus vulnérables. C’est pour cette raison que les visites dans les EHPAD ont été totalement interdites, afin de limiter les risques, et que le gouvernement a pris la décision de fermer toutes les écoles et crèches à partir de lundi (pour une raison que l’on ignore, les enfants déclarent peu la maladie, mais beaucoup sont susceptibles d’être porteurs sains).

Limiter les contacts est en effet l’un des principaux moyens de freiner la diffusion. Certains parents ne semblent pas avoir compris le principe de ces fermetures d’écoles, quand je vois sur certains groupes facebook le nombre de personnes proposer leur ado pour faire du baby-sitting (ce ne sont pas des vacances hein, ils sont censés bosser à la maison 😉 Et le but de ces fermetures est de limiter les sorties et contacts, ce n’est pas pour que les contacts s’établissent ailleurs !)

Jusqu’à récemment, on pensait que comme la grippe, seuls les plus vulnérables (personnes âgées, personnes immunodéprimées ou avec déjà des pathologies lourdes) étaient les plus à risque. Sur un tel constat, on aurait pu se dire «  Le microbe n’est rien, le terrain est tout «  comme disait ce cher Pasteur. Cependant, ces derniers jours, l’expérience en Italie montre que cela peut toucher gravement également des personnes jeunes en pleine santé. A mon sens c’est peut-être ce qui est le plus inquiétant. Car la Chine ne décrivait pas non plus ce type de profil. Alors le virus a-t-il déjà muté pour devenir plus virulent ? (ou alors compte tenu de l’information /omerta qui existe en Chine, a-t-on vraiment eu connaissance du nombre réel de cas et de leur gravité ? On peut se poser légitimement la question).

Edit du 19/03 : cet article avait été écrit il y a près d’une semaine, alors qu’il n’était pas encore question de confinement. Depuis Mardi 17 mars à 12h, les déplacements doivent être réduits au plus strict nécessaire (pour les personnes autres que celles qui n’ont d’autres choix que de se déplacer, notamment pour des raisons professionnelles), à savoir : sortie brève pour courses alimentaires (près de chez soi si vous habitez en ville), sortie chez le médecin, ou aide à personne isolée. Cependant, on a vu hier encore beaucoup trop de gens continuer à mener leur petit train-train. Le bois de Boulogne était visiblement plein de personnes en train de flâner, ou faisant du sport, ou assises sur des bancs. A Lyon, les quais de Rhône ont fini par être interdits car noirs de monde. Certaines villes ont aussi décidé d’interdire les plages car chacun pense être en villégiature. Beaucoup n’ont sans doute pas compris que c’est bien de confinement dont il s’agit. Et c’est le seul moyen, en l’absence de traitement, qui permettra de contrôler et limiter la propagation. Je vous invite tous à respecter au maximum ces consignes, car même si vous vous sentez peu vulnérable, d’autres personnes autour de vous le sont sans doute. Et ayez conscience que la moitié des personnes qui sont aujourd’hui en réanimation ont moins de 60 ans, ce peut-être vos parents, ou même vous-même. Il y a même des cas de jeunes de 17 ans (sans antécédents particuliers). Chacun est donc aujourd’hui concerné. 

A minima, si vous n’avez d’autre choix que de sortir, on respecte les règles de bon sens et les recommandations (que vous aurez sans doute tous entendu des dizaines de fois) :

  • On se lave les mains très régulièrement au savon. A l’extérieur en l’absence de la possibilité de se laver les mains, on peut utiliser du gel hydro-alcoolique (bon là aussi les gens, un peu de bon sens, n’en achetez pas par paquet de 10 et pensez au voisin !)
  • On tousse ou on éternue dans son coude (pas avec la main devant la bouche sinon vous allez contaminer ce que vous toucherez)
  • On évite les bisouilles et le serrage de main pour se saluer
  • On utilise des mouchoirs à usage unique (moyen bof pour l’environnement, mais c’est loin d’être le pire)
  • Si l’on est soi-même malade, on limite le contact, on ne rend surtout pas visite aux personnes vulnérables et si possible on porte un masque chirurgical pour éviter de postillonner sur sa famille.

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Pourquoi le lavage des mains au savon est recommandé ?

Le coronavirus est un virus enveloppé.  C’est-à-dire qu’en plus de son enveloppe principale (la  capside), il est entouré d’une structure membranaire composée d’une bicouche de lipides. Et le savon, bah je te le donne en mille, il désorganise cette bicouche lipidique et la dissout. Donc le savon, c’est bien ! (et on frotte bien, et plus que 3 secondes !) Les virus enveloppés sont ainsi sensibles aux détergents et à la dessiccation (le séchage) (on estime que le virus ne survivrait pas plus de quelques heures sur une surface sèche).


 

A noter que non, cela ne sert à rien de chercher à vous faire dépister « en prévention ». On ne peut tester tout le monde, la capacité de tests de diagnostic est limitée. D’autant plus que le nombre de cas augmentant, on est de plus en plus sélectif sur les personnes qui seront réellement testées.

Concernant l’usage des masques chirurgicaux sans filtre : edit du 04/04 : jusqu’à récemment le discours a été que leur usage n’avait d’intérêt que si l’on était soi-même malade pour limiter la propagation. Leur efficacité en prévention pour la population non malade n’est pas démontrée. Néanmoins, depuis hier 03/04, l’Académie nationale de médecine recommande le port d’un masque par le grand public afin de stopper la propagation du virus. Cependant, compte tenu de la pénurie de masques, je dirais que la meilleure chose que l’on ait à faire à notre niveau est de limiter au maximum les sorties (nous ne sortons nous mêmes qu’une seule fois par semaine pour faire des courses alimentaires), et de laisser ces masques aux personnes qui en ont besoin : personnel médical, personnes qui doivent continuer à travailler au contact du public, livreurs (le bon sens voudrait là aussi que l’on limite au maximum les commandes en ligne et évite les commandes non essentielles)… Si vous avez envie de faire un peu de couture, différents tutoriels existent sur internet pour réaliser des masques en tissu. Cependant attention, une seule couche de coton ne semble pas suffisante. Ici un exemple de tutoriel. Il semblerait aussi qu’il vaille mieux éviter les masques ayant une couture au centre sur l’arête du nez.

Quant aux masques de type FFP2 (avec filtre), par pitié, laissez-les aux personnes qui en ont réellement besoin, notamment les personnels soignants ou professionnels qui prennent en charge et ont un contact direct avec les malades.

Et si toutefois vous avez des symptômes, là aussi, restez chez vous. Edit du 16/03 : Le 15 étant saturé d’appel, ne les appelez qu’en cas de symptômes graves. Si les symptômes sont plus mineurs, appelez votre médecin traitant qui vous orientera. En tous les cas, ne vous rendez pas chez votre médecin sans Rendez-vous préalable ni l’avoir prévenu de la situation, ni aux urgences, au risque de contaminer une floppée de personnes au passage si toutefois votre cas était positif.

Plus d’informations sur https://solidarites-sante.gouv.fr/soins-et-maladies/maladies/maladies-infectieuses/coronavirus/coronavirus-questions-reponses

Comment soutenir naturellement son immunité ?

Déjà en ayant une bonne hygiène de vie. Alimentation saine, un peu d’exercice physique, et une bonne gestion du stress (ce dernier affaiblissant les défenses immunitaires).

Côté alimentation, il est utile d’avoir une alimentation riche en nutriments indispensables au bon fonctionnement du système immunitaire :

  • Aliments riches en vitamine C : agrumes (oranges, clémentines, pamplemousses), kiwis, grenade, kaki, acérola, persil…
  • Vitamine D, en attendant l’exposition au soleil : poissons, jaune d’œuf, huile de foie de morue ! ou supplémentation via des compléments alimentaires (dose quotidienne préférable aux uni-doses).
  • Aliments riches en vitamine A (tous les légumes orangés : carottes, citrouille, potimarron, etc… la mangue (et plus tard en été tous les fruits orangés : abricots etc). Beurre cru.
  • Aliments riches en vitamine E : huile de germe de blé ou germe de blé, graines de tournesol, huile de colza, avocats…
  • De façon générale, tous les aliments riches en antioxydants (fruits et légumes notamment, de préférence en version biologique)
  • Aliments riches en zinc : huitres, viande, crustacés, graines de sésame, germe de blé.
  • Les oméga-3 : petits poissons gras (maquereaux, sardines, anchois) pour EPA et DHA, et huiles végétales (colza, lin, chanvre, noix, cameline).

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Ne pas hésiter à consommer des épices et aromates : cannelle, thym (tous deux antiseptiques), romarin, curcuma, gingembre, poivre, girofle…

Vous pouvez aussi mettre à profit les produits de la ruche : propolis (merveilleux antibactérien et antiviral), gelée royale, pollen frais. Pour la propolis, vous pouvez opter pour la teinture mère (marque Propolia par exemple), quelques gouttes par jour directement sur la langue, ou sous sa forme originelle de résine (marque Propolia également)  (attention à ne pas utiliser ou alors avec beaucoup de précautions chez les personnes allergiques aux produits de la ruche, pas d’utilisation non plus chez les petits en deçà de 3 ans (recommandations généralement établies)).

Personnellement, nous utilisons depuis plusieurs années également les pastilles de chez Aagaard, très efficaces (vous les trouverez en pharmacie ou dans certains magasins bio), où la propolis est associée à des huiles essentielles de thym, sauge, eucalyptus et menthe poivrée (donc attention, les précautions s’imposent par rapport à l’usage des huiles essentielles, pas chez la femme enceinte ni chez les tout petits, attention aux personnes asthmatiques en raison de la présence d’Eucalyptus).

Certaines huiles essentielles anti-virales peuvent aussi être très utiles. Parmi les plus simples à utiliser (il en existe d’autres mais avec plus de contre-indications ou précautions d’usage) :

  • Ravintsara notamment, antivirale puissante, notamment sur la sphère respiratoire, également immuno-stimulante. Elle est aussi stimulante de l’appareil respiratoire, expectorante et mucolytique
  • Niaouli (sauf en cas d’antécédent de cancer hormono-dépendant), elle est antivirale puissante et expectorante et mucolytique.
  • Eucalyptus radié (antivirale et stimulante de l’immunité, attention pas chez les personnes asthmatiques).

Comment les utiliser : 2 gouttes dans un peu d’huile neutre (amande douce ou autre, au pire de l’huile de cuisine), en friction sur la face interne du poignet, sur le buste ou le dos. Il est aussi possible de les utiliser en olfaction (on prend quelques inspirations au-dessus du flacon).

Les trois peuvent aussi s’utiliser en diffusion mais avec certaines précautions d’usage (JAMAIS en continu, on diffuse 10-15 minutes puis on aère la pièce, et pas si vous avez dans la famille une femme enceinte ou allaitante, ou des tout petits, ou une personne asthmatique).

Pour rappel, les précautions d’usage ici.

Pensez à l’hygiène du nez avec des lavements matin et soir à l’eau salée (type Sterimar).

Edit avril : une petite mise à jour concernant les compléments alimentaires. J’avais initialement évoqué dans cet article au moment de sa rédaction mi-mars la possibilité  de stimuler (par opposition à simplement soutenir le bon fonctionnement du système immunitaire), avec des compléments comme l’échinacée par exemple. Cependant, à la lueur de ce qui a été décrit depuis lors (notamment le fameux « orage de cytokines » décrit par les médecins chez certains patients, ce qui correspond à un emballement du système immunitaire), on peut s’interroger sur la légitimité à véritablement sur-stimuler son système immunitaire. Dans le doute, il est donc préférable d’éviter d’avoir recours à des plantes telles que l’échinacée.

Et dans le doute, on se renseigne auprès des bonnes personnes ! (et méfiez-vous des informations ou astuces douteuses (ou fausses rumeurs) qui peuvent fleurir sur les réseaux sociaux !

Prenez-soin de vous ! 🙂

Un commentaire sur “Le point sur le coronavirus

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